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Batch download database from NCBI ftp site using Bash script  

2010-06-01 16:43:10|  分类: Script |  标签: |举报 |字号 订阅

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By Wubin Qu <quwubin@gmail.com>

This is an example for batch downloading database from NCBI ftp site using Bash script.

In this example, I want to download the seq_gene.md.gz for several species. And I found
that the ftp sites have the same pattern with the difference of species name. Therfore, I
use the Bash "for" loop and wget command for batch downloading the databases.

Here is the detailed commands:

#!/bin/sh
# Author: Wubin Qu <quwubin@gmail.com>
# Firstly, construct a list for species of interest.
species_list="Arabidopsis_thaliana Homo_sapiens Rattus_norvegicus Caenorhabditis_elegans Saccharomyces_cerevisiae Mus_musculus Gallus_gallus Danio_rerio Drosophila_melanogaster"

for species in $species_list;
    do 
echo $species
wget -c -t 100 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/MapView/$species/sequence/
current/initial_release/seq_gene.md.gz
gunzip seq_gene.md.gz
mv seq_gene.md $species.md
    done

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