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MPprimer:多重PCR引物设计程序  

2010-05-03 22:50:56|  分类: 默认分类 |  标签: |举报 |字号 订阅

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屈武斌

本实验室新近开发了一个基于Primer3MFEprimer的多重PCR引物设计程序,有命令行程序和Web server两个版本,和以往的多重PCR引物程序相比,MPprimer主要有以下几个特点:

1.      基于业界公认的引物设计软件Primer3为内核,使用我们开发的多因素引物特异性评估系统MFEprimer评估引物,从而保证这样引物一经设计出来就已经具备了高度特异性;

2.       使用graph-expanding算法快速寻找多重PCR引物组合;

3.       使用热力学参数而非简单的序列比对来评估引物二聚体;

4.       严格的引物解链温度控制,以保证多重PCR反应体系的统一;

5.       严格控制多重PCR产物分子量,避免分子量相近的扩增产物发生,以免影响电泳条带的分辨率;根据DNA片段电泳模式拟合经验公式,并为多重PCR实验结果提供虚拟电泳图片,以帮助用户更好地选择引物。

 该工作发表在BMC Bioinformatics(2010),发表后旋即被该期刊评为Highly accessed paper。更为详细的信息请在此下载全文阅读。

Web server网址:http://biocompute.bmi.ac.cn/MPprimer/

命令行程序下载:http://code.google.com/p/mpprimer/downloads/list

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