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为BLAST+下载数据库  

2010-03-02 12:46:42|  分类: BLAST |  标签: |举报 |字号 订阅

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运行BLAST+首先需要下载可供BLAST+查询的数据库,以往大家习惯从NCBI, EBI, DDBJ等数据库下载FASTA格式的核酸或者蛋白质数据库,然后格式化,进而用于BLAST+进行同源性搜索。而新版本的BLAST+提供了使用Perl语言编写的数据库下载与更新命令行程序update_blastdb.pl,从而使得下载和更新数据库变得更为轻松和方便。下面使用图示+文字说明的方式演示如何使用update_blastdb.pl从NCBI下载数据库。

注:使用该程序需要首先安装Perl程序,具体如何下载和安装请Google "Perl for Windows“。

Fw:为BLAST+下载数据库 - Wubin - Bif Life
Fig. 1 BLAST+ bin目录下的命令行程序列表

Fw:为BLAST+下载数据库 - Wubin - Bif Life
Fig.2 运行update_blastdb.pl查看使用帮助

Fw:为BLAST+下载数据库 - Wubin - Bif Life
Fig. 3 运行update_blastdb.pl --showall查看NCBI上已经格式化好的可供下载的数据库

Fw:为BLAST+下载数据库 - Wubin - Bif Life
Fig. 4 运行update_blastdb.pl vector下载载体序列数据库

Fw:为BLAST+下载数据库 - Wubin - Bif Life
Fig. 5 用rar软件即可解压vector.tar.gz文件,这是解压后的文件列表,是已经格式化好的,可以直接用于BLAST+分析


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