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如何安装BLAST+  

2010-03-02 00:39:03|  分类: BLAST |  标签: |举报 |字号 订阅

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新版的BLAST+的安装可谓非常简单,首先从这儿 或者从NCBI的ftp网点(ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/)下载最新的BLAST+程序包,这里推荐下载编译好的安装包。

对于Windows用户,根据自己的机器下载32位或者64位的安装包,下载完成之后按照常规软件安装步骤安装即可。

对于Linux用户,如果是Fedora或者Suse版本的操作系统,可以选择已经编译好RPM包,然后使用yum localinstall ***.rpm命令安装,不过需要root超级用户权限。不过,为了安装的简洁性,对于所有的Linux系统(无论那个版本),还是建议下载已经编译好的可执行文件包,如ncbi-blast-2.2.22+-ia32-linux.tar.bz,然后使用tar -zxvf ncbi-blast-2.2.22+-ia32-linux.tar.bz 来解压文件,解压后的文件夹ncbi-blast-2.2.22+/bin里面即是可执行的BLAST+程序了,将此文件夹mv到合适的位置(如/usr/local/bif/),然后做好软链接即可(如ln -s /usr/local/bif/ncbi-blast-2.2.22+/bin/* /usr/local/bin)。

无论是Windows还是Linux,安装上面的步骤装好之后,就可以使用BLAST+了,可以不用理会.ncbirc(Windows下是ncbi.ini文件)这个配置文件。

注:.ncbirc文件的目的是为BLAST+配置数据库以及其他信息,在BLAST+的具体使用中,添加-db dabase_name即可,因此可以不必配置此文件,不过对于那些较为稳定的使用特定的一些数据库的用户,可以详细按照User manual来配置,可以提高BLAST+的使用效率。
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